A Fundação Educacional Serra dos Órgãos - FESO surgiu em 20 de janeiro de 1966 por iniciativa dos setores e instituições da sociedade teresopolitana, dentre os quais se destacam Loja Maçônica, Lions Clube, Rotary Clube, Associação Comercial, Industrial e Agrícola, Academia Teresopolitana de Letras, Prefeitura, Sociedade de Ciências Médicas, Clube de Diretores Lojistas, Casa de Portugal, Beneficência Portuguesa, Câmara Municipal, Teresópolis Jornal, Rádio Teresópolis, Sindicato dos Empregados da Construção Civil e Sindicato dos Empregados do Comércio.
Com a preocupação inicial de fortalecer o sistema educacional de Teresópolis do Ensino Básico ao Superior, a Instituição foi organizada naquele ano como Fundação de Direito Privado sem fins lucrativos pelo Decreto Municipal no 2/66, passando a ser reconhecida como de Utilidade Pública Municipal três anos depois, pelo Decreto no 98/69.
A atuação da FESO começa com a criação da Faculdade de Medicina de Teresópolis, autorizada em 1970.
Começa aí, também, além da atividade acadêmica, o compromisso da Instituição com a comunidade através do Hospital Municipal da Prefeitura de Teresópolis que, em função de um convênio firmado com o governo municipal em 1972, foi transformado em Hospital das Clínicas de Teresópolis. O crescimento das diversas clínicas, em função das necessidades de formação profissional dos alunos, provocou a expansão do Hospital que, desde então e até hoje, cada vez mais, é o principal centro de atenção à saúde de Teresópolis e referência para os municípios vizinhos.
Forma-se a primeira turma da, então, Faculdade de Medicina em 13 de dezembro de 1974.
É reconhecida, em 1975, no contexto da expansão das escolas médicas no Brasil, principalmente na região sudeste, a Faculdade de Medicina de Teresópolis.
Cinco anos após a criação do curso de Medicina, a FESO começou a delinear sua identidade regional. Sensível às necessidades da comunidade de Teresópolis e dos municípios circunvizinhos na área do Ensino Superior, a atenção da Instituição se deslocou para as Ciências Sociais. Esse novo enfoque, mais regional, foi iniciado com a criação das faculdades de Administração e de Ciências Contábeis, autorizadas em 1975.
Em 1983 foi criada a primeira Unidade Básica de Saúde, com o objetivo de desenvolver ações de promoção, prevenção e recuperação em cuidados primários da saúde, bem como servir de campo prático para alunos do curso de Medicina e, posteriormente, dos cursos de Enfermagem, Odontologia e Fisioterapia.
Ainda em 1983, fiel à filosofia institucional de atendimentos às demandas comunitárias e à sua vocação original, a FESO criou o Centro Educacional Serra dos Órgãos - CESO, que se tornou referência na área de Ensino Básico no município.
Motivada pela expansão do Hospital, que demandava formação de mão de obra específica para a área da Saúde, a FESO criou a Faculdade de Enfermagem em 1985.
Ingressando na área de tecnologia, a FESO criou em 1994 o curso de Tecnologia em Processamento de Dados, atualmente Ciência da Computação.
E em 1996 a FESO começa uma nova iniciativa, pioneira na região e de grande relevância sócio-cultural: a Universidade da Terceira Idade – UNIVERTI.
Em 1997 a Fundação Theodor Heuberger – Pro Arte, um dos mais relevantes patrimônios culturais de Teresópolis, foi encampada e transformada em unidade de extensão. O atual Centro Cultural FESO Pro Arte dá continuidade à tradição daquela casa de promover eventos e estimular o desenvolvimento das artes e da cultura em Teresópolis.
Ainda em 1997 adquiriu-se a Fazenda Quinta do Paraíso, com cerca de 1 milhão de metros quadrados, garantindo espaço para a construção de um novo campus, onde atualmente encontram-se instalados os cursos de Pedagogia, Medicina Veterinária, Farmácia, Ciências Biológicas e Fisioterapia.
Ampliando a atuação na área de Ciências Humanas e Sociais e reafirmando seu propósito de inserção no Ensino Básico, a FESO cria, em 1998, o curso de Pedagogia, que forma profissionais para a atuação em várias áreas dos ensinos Fundamental e Médio, como o magistério, coordenação, orientação pedagógica e direção.
Em 1999, criaram-se os Centros de Ciências Biomédicas (CCBM) – atualmente Centro de Ciências da Saúde (CCS) – e de Ciências Humanas e Sociais (CCHS), visando à reunião dos cursos de graduação em áreas afins. No mesmo período, agregam-se aos seus respectivos centros os novos cursos de Odontologia e de Direito.
Em 2000, foi criado o curso de Medicina Veterinária.
O ano de 2006 foi marcado por um momento de grande relevo: na comemoração dos 40 anos da FESO as Faculdades Unificadas Serra dos Órgãos foram credenciadas como Centro Universitário Serra dos Órgãos – UNIFESO, através da Portaria 1.698, de 13 de Outubro de 2006, publicada no DOU Seção I, de 16 de outubro de 2006. Tal fato alinhou o UNIFESO com as demais instituições universitárias que, conforme a Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional, se caracterizam pela excelência do ensino oferecido, pela qualificação de seu corpo docente e pelas condições de trabalho oferecidas à comunidade acadêmica.
Também em 2006, o curso Ciência da Computação foi deslocado do CCHS para o novo Centro de Ciências e Tecnologia.
2008 foi o ano de criação do curso de Farmácia, abrindo um novo leque de oportunidades na área da Saúde.
Em 2009, diante das permanentes demandas da sociedade e das perspectivas geradas com a implantação do Pólo Petroquímico do Rio de Janeiro, foram instalados os cursos de Engenharia de Produção (ênfase em óleo e gás), Engenharia Ambiental e Sanitária, Matemática e Biologia.
Seguindo a demanda do mercado regional e as tendências da educação no país e no mundo, o UNIFESO passa a oferecer o curso de Engenharia Civil e se credencia, junto ao MEC, para o ensino a distância.